Freshdeskのデフォルトスタイルを上書きしない方がよいのはなぜですか？

あなた自身のスクリプトやHTMLを書くためのアクセスやスペースがあるため、常にあなた独自の要素を書くことが望ましいです。
そうすれば、あなたの書いた要素は、こちらが用意したデフォルトの要素とは独立したものになり、ページが壊れることもありません。
例えば、ヘッダーのスタイルはウェブサイト内の複数の場所で使用することができ、上書きすれば自動的に他の場所にも反映されます。